赤芍与白芍 赤芍味苦性寒，有泻火凉血，化瘀止痛之效，主要用于血热、肝火引起的吐血、经闭诸症。白芍味苦性寒，有养血敛阴、柔肝之痛之效，用于肝血不足、肝阳亏损引起的头晕、月经不调等症。
石决明与草决明 两药均有清肝热、明目退翳之作用。石决明在清肝热的同时又有滋养肝阳之作用，对肝虚血少、视物不清者有较好的效果。草决明长于清泻肝胆实火而明目，故对肝胆郁热、目赤肿痛者较为常用。
苍术与白术 两者均有燥湿健脾作用。白术苦甘性缓，补多于散，长于补脾气。苍术行散力强，长于袪风湿、燥湿健脾。
浮小麦与小麦 两者均有益气养心及除热之功能。浮小麦善走表出，止虚汗退浮热效果较佳。小麦清心烦之力胜，为治疗心脏疾病之良药。
麻黄与牛黄 麻黄又名川麻黄，本品为多年生草本植物，性味温、辛、苦，有发汗、止喘、利水、消肿之功效。牛黄性味凉、苦、甘，有清热解毒之功效，用于治疗高热及急性传染病。
紫河车和草河车 紫河车又名胎盘，性味甘、咸、温，有补气、养血、益精之功效。草河车又名蚤休，为百合科植物，性味苦、寒，有清热解毒、镇惊、止痛之功效。
半边莲与半枝莲 半边莲又名急解索，本品为桔梗科植物，性味辛、平，有清热解毒、利尿消肿之功效。半枝莲又名韩信草，为唇形科一年生草本植物，性味微苦、凉，有活血袪瘀、利水消肿之功效。
此外，还有一些容易相混的药名，购买时应当仔细分辨，以防误用，如人参、沙参、党参、玄参、红参、丹参和苦参；黄连、黄精、黄芪、黄柏、黄芩；五味子和五倍子；枳实与枳壳；天门冬与麦门冬等。